در برخی از موارد، کم کاری در نتیجه اشکالی در غده هیپوفیز ، که در ساقه مغز قرار دارد، ایجاد می شود. این غده هورمون TSH را که نقش آن تعیین وظیفه تیروئید است، تولید می کند. اگر غده هیپوفیز ، این هورمون را به میزان کافی تولید نکند، سطح هورمون های تیروئید افت می کنند. از دیگر دلایل کم کاری می توان التهاب موقتی تیروئید و داروهایی را نام برد که بر عملکرد این غده اثر می گذارند.