غالب آثار امام (ع) به عادت معهود عصر، كتابت مستقیم خود ایشان نیست و غالبا املای امام (ع) یا بازنوشت بعدی مجالس ایشان است (گردآوری : انجمن ناجی) بعضی از آثار نیز منصوب است و قطعی الصدور نیست.
1- از آثار مكتوب امام صادق (ع) رساله به عبدالله نجاشی (غیر از نجاشی رجالی) است (گردآوری : انجمن ناجی) نجاشی صاحب رجال معتقد است كه تنها تصنیفی كه امام به دست خود نوشته اند همین اثر است (گردآوری : انجمن ناجی)
2- رساله ای كه شیخ صدوق در خصال و به واسطه اعمش از حضرت روایت كرده است شامل مباحث فقه و كلام.
3- كتاب معروف به توحید مفضل، در مباحث خداشناسی و رد دهریه كه املاء امام (ع) و كتاب مفضل بن عمر جعفی است (گردآوری : انجمن ناجی)
4- كتاب الاهلیلجه كه آن نیز روایت مفضل بن عمر است و همانند توحید مفضل در خداشناسی و اثبات صانع است و تماما در بحارالانوار مندرج است (گردآوری : انجمن ناجی)
5- مصباح الشریعه و مفتاح الحقیقه كه منسوب به امام صادق (ع) و بعضی از محققان شیعه از جمله مجلسی، صاحب وسایل (حرعاملی) و صاحب ریاض العلما، صدور آن را از ناحیه حضرت رد كرده اند.
6- رساله ای از امام (ع) خطاب به اصحاب كه كلینی در اول روضه كافی به سندش از اسماعیل بن جابر ابی عبدالله نقل كرده است (گردآوری : انجمن ناجی)
7- رساله ای در باب غنائم و وجوب خمس كه در تحف العقول مندرج است (گردآوری : انجمن ناجی)
8- بعضی رسائل كه جابربن حیان كوفی از امام (ع) نقل كرده است (گردآوری : انجمن ناجی)
9- كلمات القصار كه بعدها به آن نثرالدرد نام داده اند كه تماما در تحف العقول آمده است (گردآوری : انجمن ناجی)
10- چندین فقره از وصایای حضرت خطاب به فرزندش امام موسی كاظم (ع) سفیان شوری، عبدالله بن جندب، ابی جعفر نعمان احول، عنوان بصری، که در حلیه الاولیاء و تحف العقول ثبت گردیده است