در دوره های تاریخی ، محدودة سیاسی باخرز اغلب دستخوش دگرگونی شده است . در ۱۳۱۶ ش ، طبق قانون تقسیمات کشوری ، باخرز احتمالاً به عنوان دهستان ، در بخش طیبات (تایباد) در شهرستان مشهد تشکیل یافت .
در ۱۳۲۹ ش ، بخش طیبات (تابع مشهد) از سه دهستان پایین ولایت باخرز (مرکز: یوسف آباد)، میان ولایت باخرز (مرکز: مشهدریزه ) و ] یا بالا ولایت باخرز [ و شهرنو، در مجموع با ۱۰۵ آبادی ، تشکیل می شد (رزم آرا، ج ۹، ص ۲۶۱). در ۱۳۳۱ ش ، باخرز جزو شهرستان «جام و باخرز» و مشتمل بر دهستانهای بالا ولایت (با ۵۳ ده )، پایین ولایت (با ۲۴ ده ) و میان ولایت (با ۳۱ ده ) بود (ایران . وزارت کشور. ادارة کل آمار و ثبت احوال ، ج ۳، ص ۱۲۷ـ۱۲۸، ۱۳۰ـ۱۳۱).
در تقسیمات کشوری ایران در ۱۳۵۵ ش ، شهرستان باخرز (مرکز، تایباد) با همان تقسیم بندی ، و در فهرست واحدهای تقسیمات کشوری تا پایان شهریور ۱۳۶۵، شهرستان باخرز به نام تایباد همچنان دارای سه دهستان میان ولایت ، پایین ولایت و بالا ولایت قید شده است . در قانون تعاریف و ضوابط تقسیمات کشوری در مهر ۱۳۶۵، باخرز دهستانی درشهرستان تایباد (به مرکزیت شهرِنو باخرز) ضبط شده است و در تقسیمات کشوری (۱۳۶۹ ش ) به جای شهرنو، شهرنو باخرز آمده است .
در مرداد ماه سال ۱۳۸۹ باخرز به شهرستان ارتقا یافت .